По итогам 1939-40 учебного года в Московском ВО Училище разделило первое место с Рязанским артиллерийским училищем. За отличную работу по подготовке и воспитанию лейтенантов и добросовестное выполнение своих обязанностей Командованием Московского ВО объявлена Благодарность (пр. № 119 от 1.10.1940 г. Московского ВО).
Участник Великой Отечественной войны.
«По плану обороны города Москвы, на северо-западном секторе за боевые действия отвечал начальник нашего училища полковник Варваркин. Обладая крупными военно-инженерными силами, он решил построить Болшевский узел обороны. Потому вокруг училища копали больше, чем в других местах. Полковник затребовал на работы целую бабью дивизию. В соседней деревне Максимковой, на ближней ткацкой фабрике, на усадьбе овощного совхоза все было усыпано людьми. Бабы захватили пустые, брошенные хозяевами дачи, мастерили землянки в лесу. Землянки прыщами вспухали под соснами: спали там вповалку, в духоте, пар валил из деревянных труб, торчавших над песчаными буграми, присыпанными желтой хвоей и прелой травой».
1941 – начальник Главного Управления военно-инженерной подготовки РККА.
В Действующей армии с 1942 г.
5.1942 – заместитель командующего – НИВ 10А (Западный фронт). Генерал-майор инженерных войск (17.11.1942).
За умелую организацию оборудования полосы обороны армии в инженерном отношении командованием армии представлен (10.10.1942) и награжден орденом Красного Знамени (Указ Президиума ВС СССР от 1.4.1943 г.).
За умелое руководство инженерными частями по форсированию рек Снопоть, Десна и Остер, обеспечившее бесперебойное продвижение войск Армии командованием армии представлен (24.9.1943) и награжден орденом Суворова 2 ст. (Указ Президиума ВС СССР от 28.9.1943 г.).
Награжден медалью «За оборону Москвы» (1944).
За выслугу лет в КА награжден орденом Красного Знамени (Указ Президиума ВС СССР от 3.11.1944 г.).
Заместитель командующего – НИВ 13А (1 Украинский фронт).
За выслугу лет награжден орденом Ленина (Указ Президиума ВС СССР от 21.2.1945 г.).
За умелое и отличное руководство инженерными частями в период подготовки и прорыва обороны противниками командованием армии представлен (21.1.1945) и награжден орденом Красного Знамени(Указ Президиума ВС СССР от 6.4.1945 г.).
За умелое руководство инженерными войсками Армии при форсировании рек Нейсе и Шпрее и прорыве сильно укрепленной обороны противника командованием армии представлен (12.5.1945) к ордену Кутузова 2 ст. Заместителем командующего - НИВ 1 Украинского фронта генерал-полковником инженерных войск И.П. Галицким согласовано (18.5.1945) представление к ордену Кутузова 1 ст., награжден орденом Кутузова 2 ст. (Указ Президиума ВС СССР от 29.6.1945 г.).
Саперы генерал-майора инженерных войск А.Н. Варваркина отмечались в приказах Верховного ГК № 140 от 18.7.1944 г. и № 357 от 2.5.1945 г.
И.П. Галицкий: «Александр Николаевич Варваркин – сапёр старшего поколения, специалист высокого класса. На фронте показал себя храбрым и смелым человеком, отличным организатором. Это генерал с творческой жилкой, твердым характером».
После войны – помощник начальника ВИА им. В.В. Куйбышева по строевой части, старший инспектор Инспекции ИВ Главной инспекции МО СССР.
Награжден орденом Красного Знамени (пр. ГУК СА от 2.9.1950 г.).
Братья: Владимир (23.6.1899 – 28.2.1961) – в рядах РККА с 10.1919 г., офицер, участник Великой Отечественной войны, интендант 3 ранга, награжден орденом Красной Звезды (10.6.1942), продолжил службу в КА (СА), подполковник интендантской службы, награжден орденами Красной Звезды (19.11.1951) и Красного Знамени (30.12.1956);
Иван (1.1.1903 – 1956) – в рядах КА с 10.1925 г., окончил артиллерийское училище, отчислен (1939) из Ленинградского высшего артиллерийского училища, перед войной направлен на завод тяжёлой зенитной артиллерии, эвакуированный в Красноярск, служил в 140ап, инженер-майор артиллерийско-технической службы, в запасе (28.4.1944), награжден орденом Красной Звезды (6.5.1946), командирован на 3 мес. в Германию, работал с немецкими специалистами, которые позже до 1953 г. работали в Городомле (СССР), руководитель группы НИИ № 88 Министерства вооружения СССР (1947-48), инженер, избран председателем заводского комитета (1953).
